Сегодня одним из важнейших направлений деятельности стало атомное надводное гражданское судостроение. Балтийский завод обладает уникальными компетенциями и всеми необходимыми лицензиями для строительства надводных судов с ядерными энергетическими установками. Именно здесь были построены все действующие российские атомные ледоколы, оснащенные судовыми реакторами КЛТ-40 и его модификациями,  а также атомные крейсеры.

Машиностроительный комплекс

Балтийский завод выпускает широкий спектр изделий судовой энергетики и машиностроения, как для оснащения кораблей и судов собственной постройки, так и для поставок другим судостроительным предприятиям. В машиностроительной номенклатуре завода есть теплообменное оборудование для атомных станций,  пусковые установки, оснащение для судового машиностроения: гребные винты фиксируемого и регулируемого шага с полным циклом изготовления, валы для кораблей и судов всех классов, дейдвудные и рулевые устройства, упорные валы и многое другое. Также завод оснащен полноценным производством цветного, стального и чугунного  литья.

Судостроительный комплекс

На производственных площадках Балтийского завода ведется строительство универсальных атомных ледоколов «Арктика», «Сибирь» и «Урал» проекта 22220, которые станут самыми большими и самыми мощными ледоколами в мире. Суда строятся по заказу с ФГУП «Росатомфлот» на класс Российского морского регистра судоходства (РС). В 2019 году был подписан контракт на строительство еще двух атомоходов ЛК-60. В конце июня 2019 года специалисты Балтийского завода завершили работы по созданию единственного в мире плавучего энергоблока (ПЭБ) «Академик Ломоносов»передали судно заказчику. В 2020 году ПЭБ введен в эксплуатацию в составе первой в мире плавучей атомной теплоэлектростанции (ПАТЭС) в г. Певек (Чукотский АО).